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Voici une fonction PHP qui permet de déterminer si un dossier ou un fichier est caché et qui n'existe pas dans les fonctions de système de fichiers à ma connaissance :

<?php
/**
 * Détermine si un dossier ou fichier est caché
 *
 * @param   string $file    Chemin valide du dossier ou du fichier
 * @return  boolean         Retourne TRUE si le fichier est caché
 */
function is_hidden( $file ) {
    
    
    // Système Unix/Linux
    if ( substr(PHP_OS, 0, 3) != 'WIN' ) {
        return ( preg_match('/^./', basename($file), $match) );
    }
    
    // Système Windows
    else {
        $cmd = 'dir "'.str_replace('/', '', dirname($file)).'" /AH';
        $result = shell_exec($cmd);
        $pattern = '/[0-9]{2}:[0-9]{2}s+(?:<(?:DIR|REP)>)?(?:[0-9]+)?s+(.*?)n/i';
        preg_match_all($pattern, $result, $matches);
        return in_array(basename($file), $matches[1]);
    }

} // end of 'is_hidden()'
?>

Attention : cette fonction est la plus simplissime qui soit et ne gère ni les permissions ni le fait que PHP tourne en safe_mode = on (notament par rapport à l'utilisation de la fonction shell_exec sous Windows). Je suis bien entendu preneur de vos améliorations à ce niveau.

Exemples

<?php
// Sous MS Windows
$hidden = is_hidden('C:Program Files'); // retourne FALSE
$hidden = is_hidden('C:boot.ini'); // retourne TRUE

// Sous Unix/Linux
$hidden = is_hidden('/home'); // retourne FALSE
$hidden = is_hidden('/home/pilgrim/.bashrc'); // retourne TRUE
?>